Neste outono, a maior batalha está... dentro de nós

Peter Parker (Tobey Maguire) e M.J. (Kirsten Dunst) parecem estar finalmente no bom caminho na sua complicada relação, mas os problemas aproximam-se do super-herói e da sua amante. O fato de Homem-Aranha de Peter torna-se negro e passa a controlá-lo, não só dando-lhe mais poderes, mas também fazendo emergir o lado negro da sua personalidade. Peter tem de ultrapassar a influência do fato enquanto dois supervilões, Sandman e Venom, se erguem para o destruir a ele e a todos os que lhe são queridos.