Dit najaar ligt de grootste strijd... binnenin

Peter Parker (Tobey Maguire) en M.J. (Kirsten Dunst) lijken eindelijk op de goede weg in hun gecompliceerde relatie, maar er dreigen problemen voor de superheld en zijn geliefde. Peter's Spider-Man pak wordt zwart en neemt de controle over hem over, waardoor Peter niet alleen meer kracht krijgt maar ook de donkere kant van zijn persoonlijkheid naar buiten komt. Peter moet de invloed van het pak overwinnen terwijl twee superschurken, Sandman en Venom, in opstand komen om hem en iedereen die hem dierbaar is te vernietigen.