De eigenwijze Spike Spiegel en de bemanning van zijn ruimteschip, de Bebop – een onverschrokken groep premiejagers – landen in het jaar 2071 op Mars, op jacht naar een enorme geldbeloning. Het vierkoppige team, dat verder bestaat uit de imposante cyborg Jet Black, de onverschrokken Faye Valentine en tech-expert Edward, is op zoek naar de voormalige militair Vincent. De voormalige held is een biologische terrorist geworden met een arsenaal aan verwoestende nanobots die hij in de nacht voor Halloween op Alba City zal loslaten als niet aan zijn eisen wordt voldaan.