Spike Spiegel, le personnage arrogant, et l'équipage de son vaisseau spatial, le Bebop, une bande intrépide de chasseurs de primes, atterrissent sur Mars en 2071, à la poursuite d'une énorme récompense. Cette équipe de quatre personnes, composée également de l’imposant cyborg Jet Black, de l’intrépide Faye Valentine et de l’expert en technologie Edward, est à la recherche de Vincent, un ancien officier militaire. Cet ancien héros est devenu un terroriste biologique disposant d’un arsenal de nanorobots dévastateurs qu’il compte lâcher sur Alba City la veille d’Halloween si ses exigences ne sont pas satisfaites.